农业微生物资源及其应用农业部重点实验室
http://www.cau.edu.cn/agromicro/

中国工业微生物菌种保藏中心
http://www.china-cicc.org

中国科学院武汉病毒研究所
http://www.whiov.ac.cn/index002.htm

中国科学院微生物研究所
http://www.im.ac.cn/chinese.php

中国微生物潜在资源信息数据库
http://www1.im.ac.cn/mrdc/mrdc.htm

中国微生物菌种数据库
http://www.im.ac.cn/database/catalogsc.html

中国微生物学会
http://www.im.ac.cn/im/csm/

细菌名称数据库

http://www1.im.ac.cn/bacteria/bacteria.htm

微生物物种编目数据库（真菌物种部分）
http://www1.im.ac.cn/species/speciesnew.htm

土壤微生物学词汇

http://dmsylvia.ifas.ufl.edu/glossary.htm

真菌新种数据库

http://www1.im.ac.cn/newsp/index.html

国际核酸序列数据库
http://srs.im.ac.cn/

其它：

http://micronet.im.ac.cn/

http://changjiang.whlib.ac.cn/

http://www.scitom.com.cn

http://202.114.65.51/fzjx/wsw/

http://www.stemcell.com.cn/basic/basic.html

http://202.116.64.20/wjf/indexs/intro.htm

http://www.biotech.org.cn/